据媒体消息，重建后的皇岗口岸开通筹备已进入最后阶段。作为深港首个采用“合作查验、一次放行”模式的陆路口岸，新皇岗口岸将设置134条合作查验自助通道、68个人工柜台，旅客整体通关时间由原先约30分钟压缩至约5分钟；车辆经“五合一”合作查验通道通行，耗时由约10分钟缩至约2分钟。
新口岸延续24小时通关安排，并配合“一地两检”制度设计。旅客使用合作查验自助通道时，只需一次排队、一次出示证件，即可在同一通道内完成深圳与香港两侧的出入境核验。 通道采用三道闸结构，依次完成读证、生物信息采集与两地后台同步查验，无异常即一次放行。
根据深圳市口岸办公布信息，新皇岗口岸联检大楼共设地下4层、地上5层，总建筑面积约69万平方米，为目前全球单体规模最大的现代化陆路口岸；近期设计日旅客通关流量20万人次，远期可提升至30万人次，跨境客车日均通行能力1.5万辆次。
车辆通行同步提质。口岸港方口岸区设置28条“五合一”车辆合作查验通道，整合深圳海关、深圳边检、香港入境处、香港卫生署、香港海关五方流程，司机无需下车，同楼层随车查验厅即可办结手续。
目前，皇岗口岸港方口岸区已于2026年7月31日零时启用并由香港特区依法管辖，正式开通日期由粤港两地政府商定后公布。 香港入境处已自10月6日起开放“合作查验”自助通道使用登记，合资格香港居民及持有效签注的内地访客可通过“香港e-道”App或口岸现场登记。